Принцип рада лабораторијског стерилизатора углавном укључује основне принципе термодинамике и микробиологије, а ефекат стерилизације се постиже контролним температурама и временом. Конкретно:
Топлотно лечење: Стерилизатор убија микроорганизме, посебно бактерије, вирусе и квас, гријањем. Висока температура ефикасно уништава ћелијску структуру микроорганизама, узрокујући да изгубе биолошку активност.
Контрола температуре: Стерилизатор може прецизно контролисати температуру прерађених предмета. У преради хране, обично се одабере одређена температура и одржава се и одржава у одређено време ефикасног ефекта стерилизације, истовремено минимизирање штетних утицаја на квалитет производа.
Медијум преноса топлоте: Стерилизатор обично користи пару или топлу воду као медијум за пренос топлоте, што може пренијети топлоту у производ да би се достигло температури потребне за стерилизацију.
Контрола притиска: Стерилизатор се обично запеча да спречи да се спољни ваздух уђе и утиче на ефекат стерилизације. Тачка кључања воде се повећава повећањем унутрашњег притиска, чиме се постиже већу температуру стерилизације.